Gleneagles JPMC terletak di Jerudong dalam Daerah Brunei dan Muara. Bangunan pusat perubatan ini adalah bersebelahan dengan Pusat Perubatan Jerudong Park. Dalam lingkungan Gleneagles JPMC iaitu di sebelah lain Pusat Perubatan Jerudong Park ialah bangunan bagi Pusat Pakar Pantai Jerudong, satu lagi pusat perubatan yang menempatkan Pusat Kanser Brunei dan Pusat Neurosains dan Rehabilitasi Strok Brunei. Kesemua pusat-pusat perubatan tersebut terletak dalam kawasan berhampiran Pantai Jerudong dan menghadap Laut Cina Selatan.[1]

Lokasi Gleneagles JPMC juga adalah tidak jauh dari Jerudong Park, satu-satunya taman hiburan di Brunei, serta Pusat Persidangan Antarabangsa BRIDEX.